Во исполнение решения областного Совета народных депутатов от 11 апреля 1991г. «О первоочередных мерах по оздоровлению экологической обстановки в Нижегородской области» в мае 1991 года в структуре облисполкома был создан самостоятельный отдел по экологии и рациональному природопользованию. С 1992 года на этот отдел было возложено управление областным экологическим фондом.

Распоряжением губернатора Нижегородской области от 12.04.93 № 464-р, принятым на основании предложений постоянной комиссии по экологии и рациональному использованию природных ресурсов Нижегородского областного Совета народных депутатов, с целью проведения в области единой государственной политики в сфере охраны природы и управления природопользованием и полномочий администрации Нижегородской области в указанной сфере был организован департамент по охране природы и управлению природопользованием. Управление облэкофондом было возложено на данный департамент. В связи с тем, что с 1990 - 1991 года в области шли работы по созданию автоматизированной системы экологического мониторинга, в марте 1993 года с целью продолжения опытной эксплуатации и дальнейшего развития этой системы, а также системы АСКРО, на базе отдела по экологии и рациональному природопользованию была создана дирекция экологического мониторинга.

Департамент являлся самостоятельным структурным подразделением администрации Нижегородской области.

К основным направлениям работы департамента, требовавшим приоритетного приложения управленческих решений и инвестиционных возможностей, были отнесены охрана водных ресурсов и обеспечение населения качественной питьевой водой; охрана воздушного бассейна; охрана окружающей среды от производственных и бытовых отходов; охрана почв, растительного и животного мира; развитие системы особо охраняемых природных территорий; развитие системы экологического образования и воспитания и другие.

В целях консолидации усилий всех природоохранных организаций области, в том числе управленческих, в 1994 году распоряжением администрации Нижегородской области (от 30.03.94 № 398-р) была создана экологическая служба областной администрации (без прав юридического лица), которую, в статусе заместителя губернатора по экологии и природопользованию, возглавил Александр Николаевич Косариков (ныне - депутат Государственной Думы ФС РФ, заместитель председателя Комитета Госдумы по экологии). В состав экологической службы вошли структурные подразделения областной администрации с правами юридических лиц: департамент по охране природы и управлению природопользованием, дирекция областного экологического мониторинга (которая в 1995 году была преобразована в центр экологической безопасности Нижегородской области), а спустя некоторое время - и комитет по охране и использованию историко-культурного наследия г. Нижнего Новгорода и Нижегородской области.

В компетенцию экологической службы входила также координация деятельности Нижегородгоскомэкологии.

Кроме того, был создан Координационный Совет специально уполномоченных территориальных природоохранных органов области, преобразованный затем в Совет экологической безопасности Нижегородской области.

В связи с ликвидацией Госкомэкологии России в мае 2000 года, передачей её территориальных органов в ведение МПР России и их последующей реорганизацией со значительным сокращением штатов и предстоящей ликвидацией Нижегородгоскомэкологии возникла угроза полного разрушения системы государственного экологического контроля. Чтобы предотвратить это, 10 октября 2000 года в структуре администрации Нижегородской области было создано ещё одно структурное подразделение - комитет по экологическому контролю Нижегородской области. Благодаря этому, хотя и не без некоторых потерь, удалось сохранить работающую структуру органов экологического контроля в городах и районах области в виде городских, межрайонных и районных отделов по экологическому контролю на базе подлежащих ликвидации городских, межрайонных и районных комитетов Нижегородгоскомэкологии, а также сохранить кадровый потенциал этих комитетов.

В связи с принятием Федерального закона от 6 октября 1999 г. № 184-ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации», статьёй 2 которого было установлено, что в систему органов государственной власти субъекта Российской Федерации входят высший исполнительный орган государственной власти субъекта Российской Федерации и иные органы государственной власти субъекта Российской Федерации, образуемые в соответствии с конституцией (уставом) субъекта, 9 апреля 2001 года были внесены изменения в Устав Нижегородской области, связанные с формированием Правительства области, как высшего исполнительного органа государственной власти области, и принят Закон Нижегородской области от 9 апреля 2001 г. № 176-3 «О Правительстве Нижегородской области».

Статьёй 18 этого закона было установлены следующие полномочия Правительства в сфере природопользования, охраны окружающей среды и обеспечения экологической безопасности:

«Правительство:

1. участвует в проведении единой государственной политики по охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности;
2. принимает меры по реализации прав граждан на благоприятную окружающую среду, по обеспечению экологического благополучия и обеспечению населения информацией о состоянии окружающей природной среды;
3. организует деятельность по охране и рациональному использованию природных ресурсов, регулированию природопользования и развитию минерально-сырьевой базы;
4. обеспечивает организацию и проведение государственного экологического контроля на территории области;
5. координирует деятельность органов исполнительной власти области, органов местного самоуправления и иных организаций в сфере природопользования, охраны окружающей природной среды и обеспечения экологической безопасности;
6. координирует деятельность по предотвращению стихийных бедствий, аварий и катастроф, уменьшению их опасности и ликвидации их последствий».

Указом Губернатора Нижегородской области от 01.11.2001 № 71 «О формировании системы органов исполнительной власти Нижегородской области» на базе департамента охраны природы и управления природопользованием, центра экологической безопасности Нижегородской области и комитета по экологическому контролю Нижегородской области был создан комитет охраны природы и управления природопользованием Нижегородской области (Комприроды Нижегородской области) со статусом иного органа исполнительной власти Нижегородской области, и утверждено штатное расписание в количестве 100 человек.

Постановлением Правительства Нижегородской области от 18.12.2001 № 60 было утверждено Положение о Комитете.

Руководителем Комитета назначен Соколов Николай Георгиевич, ранее занимавший должность директора департамента охраны природы и управления природопользованием администрации Нижегородской области.

В настоящее время численный состав Комитета 105 человек, из них государственных служащих Нижегородской области - 95, технический персонал - 10. В составе Комитета имеются 3 управления (природопользования, мониторинга и информации, по экологическому контролю), к которым перешли основные функции вышеназванных структурных подразделений, возглавляемые заместителями руководителя Комитета. В составе управления по экологическому контролю - 68 государственных инспекторов по экологическому контролю, большая часть которых (48) работают в городах и районах области (в 6 районных, 9 межрайонных и Дзержинском городском отделе по экологическому контролю). В Нижнем Новгороде работают 20 государственных инспекторов, кроме того, с принятием Кодекса Нижегородской области об административных правонарушениях от 20.05.2003 г. № 34-3 Комитет наделяет полномочиями по осуществлению отдельных контрольных функций и составлению протоколов об административных правонарушениях на территориях районов Нижегородской области и г. Н.Новгорода должностных лиц органов местного самоуправления с выдачей удостоверений установленного образца.

В соответствии с законом Нижегородской области от 10 апреля 2002 г. № 21-З «О целевом бюджетном фонде «Областной экологический фонд» для реализации полномочий Комитета по управлению средствами областного экологического фонда, создана исполнительная дирекция данного фонда, возглавляемая заместителем руководителя Комитета по экономике и финансам.

С территориальными органами МПР России установлено рабочее взаимодействие. Трудности были связаны в основном с перманентной реорганизацией территориальных природоохранных органов, а также отсутствием до недавнего времени разграничения объектов, подлежащих федеральному государственному экологическому контролю и государственному экологическому контролю на уровне субъекта Федерации.